Fue creada por la ley N° 20.413, en enero de 2010, con la misión de implementar una política nacional en el marco de las pautas, objetivos y principios establecidos en la normativa vigente. El trabajo de la Coordinación Nacional, radicada en la División de Gestión de Redes Asistenciales, comienza en mayo de 2011 y, desde ese entonces, se ha centrado en implementar un modelo sanitario para la generación de donantes y garantizar el correcto funcionamiento y transparencia de todos los procesos asociados.
Normar, coordinar, evaluar y optimizar a nivel nacional, las etapas de donación, procuramiento y trasplante de órganos y tejidos, con eficacia, eficiencia, calidad y transparencia, bajo una perspectiva humanizada en salud.
Ser reconocidos como la entidad técnica nacional en donación, procuramiento y trasplante, mediante un actuar íntegro, equitativo, eficiente y colaborativo.